Del griego hypó (debajo de) thálamos (cámara nupcial, dormitorio). El hipotálamo forma parte del diencéfalo, y se sitúa por debajo del tálamo. Suele considerarse el centro integrador del sistema nervioso autónomo o vegetativo, dentro del sistema nervioso central. También se encarga de realizar funciones de integración somato-vegetativa.
El hipotálamo es el encargado de controlar las funciones del medio corporal interno, comportamiento sexual y las emociones, controla el sistema endocrino, actúa sobre el sistema nervioso autónomo y el sistema límbico (es el encargado de controlar las emociones y los instintos). Está conectado a todos los nervios del cerebro, del sistema endocrino y nervioso además de la médula espinal.
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